Każdego dnia do układu oddechowego trafia około ćwierć kilograma zanieczyszczeń – gazy, pyły, dym, drobiny kurzu, pyłki roślinne, wirusy, bakterie, zarodniki grzybów. Jeśli jest on sprawny, bez trudu unieszkodliwia je i wydala. Najczęściej choroby układu oddechowego wywoływane są przez bakterie, wirusy, alergeny oraz palenie papierosów.
90 % przypadków przewlekłej obturacyjnej choroby płuc (POChP) jest skutkiem palenia papierosów. Gdy trujący dym trafia do płuc, bronią się one wytwarzając więcej śluzu. Trucizny blokują ruch rzęsek i niszczą je, więc płuca nie mogą się oczyszczać. Nawet mały wysiłek powoduje wtedy trudności z oddychaniem i kaszel. Terapia polega na przyjmowaniu leków rozrzedzających wydzielinę.
Należy też rzucić palenie, ale choroby nie da się całkowicie wyleczyć. Podobnie jest z rozedmą płuc, którą może wywołać wdychanie pyłów. Jej objawem jest kaszel i odksztuszanie plwociny, głównie rano i po wyjściu na dwór. Później występuje duszność podczas wysiłku, w czasie i przy odpoczynku, uścisk w klatce piersiowej i świszczący oddech. Chory traci na wadze. Leczenie polega na przyjmowaniu leków ułatwiających oczyszczanie płuc. Ważna jest dieta bogata w nabiał, potas, witaminę C. Trzeba też zmniejszyć ilość soli oraz pić dużo płynów.
Większość zakażeń wirusowych nie wymaga leczenia, poza stosowaniem środków łagodzących objawy. Jednak gdy wirus uszkodzi błony śluzowe, wówczas rozwija się zakażenie bakteryjne.